兼任中国水产学会副理事长、水产生物技术与遗传育种专业委员会主任委员，三亚-国际种业科学家联合体副主席，泰山学者攀登计划专家，《水产学报》编委会副主任以及Marine Biotechnology、Scientific Reports等国际杂志编委等职务。长期从事鱼类种质冷冻保存、基因组解析、性别控制与抗病分子育种研究。建立鱼类种质冷冻保存技术体系；发现我国首个鱼类性别特异分子标记；破译我国首个鱼类基因组，揭示性别决定机制，创建分子性控技术；解析鲆鳎鱼变态分子机制，研制我国鱼类首款抗病育种基因芯片“鱼芯1号”，建立抗病基因组选择育种技术，育成新品种4个。 获国家技术发明二等奖2项（排名1）、国家科技进步二等奖1项（排名2）、 中华农业科技奖一等奖3项。 第一和通讯作者发表SCI论文220多篇，包括Nature Genetics 论文2篇。获光华工程科技奖、全国首届创新争先奖、中华农业英才奖、中国青年科技奖、农业部和山东省突贡专家等荣誉称号， 1997年入选国家百千万人才工程第一二层次人选。

1991年被国家人事部评为国家有突出贡献中青年专家， 2003年获全国“五一”劳动奖章，2009年获广东省科学技术突出贡献奖，2010年获“全国优秀科技工作者”称号，2011年1月获广东省委、省政府颁发“南粤创新奖”，2011年10月被中国生理学会授予“中国生理学会终身贡献奖”，2012年7月在阿根廷布诺宜斯爱利斯举行的国际鱼类内分泌学大会被授予“终身成就奖”，2018年12月获中国水产学会和中国渔业协会联合颁发“改革开放40周年渔业科技突出贡献人物”称号等。培养105名博士和85名硕士。在2009年11月从教55周年之际，设立「中山大学林浩然奖学基金」。1997年11月当选为中国工程院院士。

1991年被国家人事部评为国家有突出贡献中青年专家， 2003年获全国“五一”劳动奖章，2009年获广东省科学技术突出贡献奖，2010年获“全国优秀科技工作者”称号，2011年1月获广东省委、省政府颁发“南粤创新奖”，2011年10月被中国生理学会授予“中国生理学会终身贡献奖”，2012年7月在阿根廷布诺宜斯爱利斯举行的国际鱼类内分泌学大会被授予“终身成就奖”，2018年12月获中国水产学会和中国渔业协会联合颁发“改革开放40周年渔业科技突出贡献人物”称号等。培养105名博士和85名硕士。在2009年11月从教55周年之际，设立「中山大学林浩然奖学基金」。1997年11月当选为中国工程院院士。

他领导团队长期从事鱼类遗传育种研究；在鱼类远缘杂交研究领域的理论-技术-产品方面做出了创新成绩，在该研究领域处于领先水平；攻克了种间生殖隔离难关，探索出鱼类远缘杂交的主要遗传和繁殖规律；建立了一步法和多步法鱼类杂交关键育种技术；创建了一批源于远缘杂交的四倍体和二倍体鱼可育品系，形成了新的鱼类种质资源；研制了包括5个国家级水产新品种在内的一系列优质鱼类；首次证明鲤-鲫-金鱼杂交演化途径；倡导鱼类良种良养良销体系建立及应用；倡导实施“政府+科研团队+企业+农户”的运行体制；以第一完成人获国家科技进步二等奖（2项）、全国创新争先奖状、湖南省科技进步一等奖、湖南省技术发明一等奖、湖南光召科技奖、大北农科技奖等奖励；获国家发明专利34项；撰写了Fish Distant Hybridization、《鱼类远缘杂交》专著；以第一或通讯作者在Genome Research、PNAS、BMC Biology等期刊发表论文200余篇；主持培养毕业了37名博士和108名硕士；为我国水产事业做出了杰出贡献。